In 1987 merkte de Amerikaanse klinisch psycholoog dr. Francine Shapiro bij toeval tijdens een wandeling in het park dat haar verstoring van negatieve gedachten minder werd als ze haar ogen heen en weer bewoog tussen de bomen. Na deze ervaring testte ze het effect van opzettelijke oogbewegingen op zichzelf, terwijl ze zich concentreerde op negatieve gedachten. De waargenomen positieve veranderingen brachten haar ertoe haar experimenten met geïnduceerde oogbewegingen uit te breiden naar vrienden en kennissen. Ze kregen de instructie om zich te concentreren op negatieve gedachten en de effecten die met deze gedachten gepaard gingen, terwijl ze de bewegingen van Shapiro's vingers met hun ogen volgden.

​

Aangemoedigd door het succes van deze experimenten ontwikkelde Francine Shapiro een standaardprocedure die ze EMD (Eye Movement Desensitization) noemde, aangezien ze aanvankelijk aannam dat haar procedure een variant was van de bekende gedragstherapie, Systematic Desensitization. Eind 1987 testte ze de werkzaamheid van EMD bij een empirisch onderzoek bij patiënten met de diagnose posttraumatische stressstoornis (PTSS). In 1989 werden de resultaten gepubliceerd in het Journal of Traumatic Stress en toonden een significante afname van het leed bij degenen die deze behandeling kregen in vergelijking met de controlegroep groep.

​

Tijdens verder onderzoek en ontwikkeling van de methode constateerde Shapiro duidelijke verschillen tussen deze behandeling en de gedragstherapeutische benadering. Ze ontwikkelde EMD van 1987 tot 1991 in Californië verder tot wat nu de EMDR-methode is. Ze gebruikte EMDR voor het eerst in 1989 voor therapeutisch werk met slachtoffers van oorlogstrauma. EMDR is tegenwoordig een dynamisch proces dat gebruik maakt van zowel psychodynamische als gedragstherapie.